Здравствуйте!
1. Скажите пожалуйста,так как я понимаю,идут жаркие споры на тему:нужна ли дефрагментация в linux???
в windows,понятное дело,нужна,так устроена файловая система NTFS
но в linux совсем всё по другому,используется журналируемая файловая система Ext3,Ext4(говорят что она боллее совершенная,чем NTFS).
Если дефрагментация нужна всё-таки,то какие программы вы посоветуете???
2.И ещё один вопрос.Когда какую-либо программу устанавливаешь в windows,то её знаешь где искать,знаешь как грамотно деинсталлировать и даже потом реестр почистить от хвостов.
А в linux используются зависимости,как понимаю всё на этом построено.Так вот,где искать следы установленной программы или саму программу,в какой директории???
Спасибо!
Файловая система
Я уже где-то отвечал на подобный вопрос, но повторюсь.
Считается, что дефрагментация в Линукса не нужна. Все вот почему. Основная причина, по которой делается дефрагментация в Windows, - добиться недефрагментированного состояния файлов подкачки и реестра. Реестра в Линуксе нет, файл подкачки живет на отдельном диске. Для обычных датафайлов фрагментация практически не влияет на скорость доступа, особенно на более продвинутых Ext3 и Ext4 (про сравнение файловых систем обещаю написать отдельный пост).
А при этом дефрагментация имеет много минусов - нагрузка на диск, потенциально приводящая к поломкам, невозможность восстановления данных, урон для данных в случае сбоя питания во время процесса дефрагментации.
По поводу второго вопроса - программа более-менее размазывается по файловой системе. Файлы распределяются больше по типу, нежели чем по принадлежности. Посмотрите директории /usr/bin, /usr/lib и подобные. Правильное удаление программ - через менеджер пакетов.
Ну как-то универсального решения нет.
Единственно, если программа шла с исходниками, то может в ее папке сработать команда sudo make uninstall
А что бы вы посоветовали:устанавливать только программы из репозиториев, зарегистрированных источников,через центр приложений???
То есть я клоню к тому,что я надыбал где то программу,можно сказать непонятно кем слеплена или архив кривой,и хочу поставить,а потом возникают проблемы при работе с программой или при деинсталляции!!!
А как вы сами делаете,если не секрет.
Спасибо!
в принципе, совсем левые программы без исходников стараюсь не ставить.
для программы с исходниками обычно компилирую
./configure (должно создать makefile)
make (собираю программу)
а вот стадию sudo make install можно уже и не делать - запускать ее из локальной папки
альтернативный вариант - давать ./configure --prefix=/tmp - и тогда sudo make install поместит все внутри /tmp
Редко бывает такое. что в репах я найти нужную программу не могу, но бывает, не отрицаю 
Если в стандартных репах нету - можно всегда добавить их вручную в файл sources.list, если знаете конкретно нужный вам.
Если в репах нету - то по способу, который изложен в этом комментарии.

В Windows есть различные твикеры, предназначенные для оптимизации системы,так же посредством их можно отдельно реестр дефрагментировать,почистить,также его руками я чистил.
Я понимаю,что через менеджер пакетов можно деинсталлировать программы,которые были установлены из репозиториев,из зарегистрированных источников.
А если программа(сторонняя) скачена откуда то и потом установлена,как вы говорите она размазывается по файловой системе,так как её потом удалить,через менеджер пакетов она не проходит,так как установлена она не из источников.
У меня уже с этим возникли проблемы.